1个月后民族战争开始了,留在西班牙的巴萨主席约瑟普.索诺尔被弗朗哥下令枪毙。幸亏巴萨队员们当时在墨西哥和美国做巡回表演赛才没有被枪杀,不过这次比赛虽然能解决财政问题,但却造成了巴萨一半队员听到了国内形势后留在了墨西哥,后来还有去法国流亡的。1938年5月16日弗朗哥政府的军队进攻巴塞罗那时在巴萨社交俱乐部投掷了炸弹,造成了极大的损失。几个月后,巴塞罗那沦陷。巴萨俱乐部作为加泰罗尼亚主义的标志,会员被勒令减少到区区3486人,面临着巨大的问题。1940年3月,弗朗哥的走狗之一恩里克.皮涅罗被任命为了巴萨主席。然后俱乐部的名字被勒令从原来比较英国化的名字FUTBOL CLUB BARCELONA改为了西班牙化的CLUB DE FUTBOL BARCELONA,(后来在1973年恢复了原来的名字),加泰罗尼亚国旗上的4道红杠被勒令减少到了2道,直到1949年才恢复原状。